اسماعیل کوثری با انتشار یادداشتی بار دیگر به مطالب منتشر شده از سوی دفتر رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام درباره ماجرای بازداشتش واکنش نشان داد.
براساس این گزارش آیت الله هاشمی رفسنجانی در بخشی از کتاب خاطرات خود(سال68) آورده است: « با وساطت من در این سال محمد اسماعیل کوثری که در حبس به سر می برد آزاد شد و من عامل آزادی وی بودم.»
این بخش با اعتراض رسمی کوثری مواجه شد. این نماینده مردم تهران در مجلس معتقد است نه تنها هاشمی باعث آزادی او نبوده بلکه عامل بازداشتش بود. با این وجود دفتر آیت الله هاشمی رفسنجانی با تکرار مواضع قبلی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، اظهارات کوثری را تکذیب کرد. تکذیب دفتر رئیس مجمع، کوثری را دست به قلم کرد و با انتشار نامه ای سرگشاده خطاب به هاشمی تاکید کرد: پادگانی در کرج که پیش از انقلاب در اختیار وزارت کشاورزی بود و پس از انقلاب نیز بلا استفاده مانده بود، در اختیار لشگر 27 محمد رسول الله باقی بماند.
در سال 68 وزیر جهاد کشاورزی دولت وقت (دولت آقای هاشمی) از بنده شکایت کرد و موضوع توسط آقای هاشمی که در آن زمان جانشین فرماندهی کل قوا بود به سازمان قضایی نیروهای مسلح فرستاده شده. و این اقدام در نهایت موجب بازداشت من به مدت 24 ساعت شد.
کوثری ادامه داد: حضرت آیت الله خامنه ای که در آن زمان رهبری کشور و فرماندهی کل قوا را برعهده داشتند به محض شنیدن این خبر ضمن اعلام دستور آزادی بنده عنوان کردند که از این پس بازداشت فرماندهان ارشد سپاه تنها با حکم فرمانده کل قوا صورت گیرد و هیچ شخص دیگری اجازه این کار را ندارد. بدین ترتیب آقای هاشمی نه تنها موجب آزادی من از زندان نشد بلکه عامل اصلی بازداشتم در آن سال بود.