آیت الله سید مرتضی پسندیده، برادر بزرگ امام خمینی در کتاب خاطرات خود به دلیل اختلاف نام فامیل ایشان اشاره میکند و میگوید:«در اینجا موضوعی که مکرر مورد بحث بوده تشریح می کنم علت اینکه فامیلی من پسندیده و فامیلی مرحوم اخوی هندی و فامیلی حضرت آیت الله خمینی مصطفوی است چیست؟دربدو تشکیل اداره آمار و ثبت احوال«سجل احوال» آقای بنی آدم در خمین و سایر مناطق مامور سجل احوال شد و در سال 1304 شمسی ایشان گفتند که نام خانوادگی در ایران نباید تکرار شود «در صورتی که عدم تکرار برای هر شهر بود »من برای مراعات نام خانوادگی،خود و اخوی کوچکم را هندی گرفتم ولی نام فامیلی اخوی کوچکتر حضرت امام خمینی را مصطفوی گرفتم که اگر تکرار شد ایشان هندی شود و اگر تکرار نشد ما مصطفوی شویم.«ما سه برادر و سه خواهر از یک پدر و مادر هستیم و مادر ما، در جوانی با شهادت شوهر مبتلا شد و به نگهداری ما اشتغال داشت و برادر و خواهر دیگری نداشتیم.»
پس از صدور رای من موافقت کردم که مصطفوی بشود قبول نکردند. تقاضا کردم احمدی«نام خانوادگی دائی هایم»باشد قبول نکردند گفتند نباید عربی باشد باید فارسی یا «پارسی»باشد. من چند نام نوشتم فرستادم که هر کدام را می خواهند انتخاب نمایند که «پسندیده»را انتخاب کردند.این دلیل اختلاف نام خانوادگی سه برادراست ولی نام خانوادگی در نظر و رای و تابعیت و تبعیت ما نسبت به حضرت امام خمینی تاثیری نداشت و با قاطعیت افکار ایشان را مورد عمل قرار می دادیم چون ما با درباریها و عملیات آنها موافق نبودیم.