به گزارش نما، علی افشاری از اعضای سابق دفتر تحکیم وحدت، طی یادداشتی که سایت خودنویس آن را منتشر کرده است، معرفی جعفر توفیقی به عنوان سرپرست وزارت علوم را "رویدادی تعیین کننده برای جنبش سبز" می داند.
او معتقد است که "سرپرستی توفیقی بر وزارت علوم فضا را برای تحرک جنبش سبز هموار میسازد."
بخش هایی از این یادداشت در ادامه می آید.
«« معرفی دکتر جعفر توفیقی به سرپرستی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، رویدادی مهم در عرصه سیاسی ایران بود. حسن روحانی بعد از اینکه مجلس نهم رای اعتماد به دکتر جعفر میلی منفرد برای وزارت علوم نداد، بلافاصله توفیقی را به سرپرستی وزارت خانه یاد شده گمارد. حساسیت کسانی که در مخالفت با دکتر میلی منفرد صحبت کردند، به توفیقی بیشتر است. علاوه بر فراکسیون اصول گرایان که بخش افراطی و مدافع گفتمان سوم تیر اصولگرایان را نمایندگی میکند، بخشهایی از فراکسیون رهروان ولایت ( فراکسیون اکثریت مجلس) نیز به به صلاحیت میلی منفرد برای اداره وزارت علوم رای منفی دادند. به عبارت دیگر هر دو بخش سنتی و جدید اصولگرایان به انتخاب روحانی برای وزارت علوم روی خوش نشان ندادند.
دلیل اصلی مخالفت مجلس همراهی دکتر میلی منفرد با جنبش سبز و حمایت از ریاست جمهوری مهندس موسوی در انتخابات ۸۸ بود. همچنین سابقه پشتیبانی وی از جنبش دانشجویی در دوران اصلاحات و خواستههای دانشجویان در ۱۸ تیر ۷۸ نیز از دید مجلس نهم فاکتورهای منفی به حساب میآمدند. میلی منفرد بدون اینکه وارد بحث پیرامون گذشته بشود با جنبش سبز مرزبندی نکرد و حاضر نشد از فعالیتهای گذشته خود و مواضع رهبران نمادین جنبش سبز برائت جوید. او همچنین تلویحا مجلس را به رویارویی با خواست ملت و نا خشنودی از نتیجه انتخابات ۲۴ خرداد ۹۲ متهم نمود. در مجموع میلی منفرد با توجه به شرایط کنونی کشور، در حدقابل قبولی از استقلال دانشگاه و رسالت سیاسی آن دفاع کرد و تصریح نمود که دانشگاه را با اراده معطوف به قدرت نمی توان اداره نمود.
رسانههای اصولگرایان افراطی به انتخاب توفیقی واکنش منفی نشان دادند وفیلم سخنرانی او در تحصن دانشگاه تهران بعد از اعلام نتایج را پخش کردند. توفیقی در بخشهایی از سخنرانیاش گفته است: «در این سطح ملی این که ما به رای مردم توهین کنیم و در رای مردم دستکاری کنیم و متاسفانه رای را به اسم کسانی بگذاریم که کمترین اخلاق و ادب و همه چیز را در واقع فرو ریختهاند بنیانهای اخلاقی را فرو ریختند (تشویق حضار و صدای الله اکبر) ای کاش واقعا بنده آرزو میکنم و ای کاش نمیدانستیم که این ۲۴ میلیون رای به اسم چه کسی رفته است. ای کاش این ویژگیها پشت پرده باقی میماند و ما فقط یک تخلف کوچک انتخاباتی را شاهد بودیم. ای کاش اینجوری میشد ولی همهٔ مردم دیدند در هفتههای گذشته در ۴ سال گذشته سیاستها را تدبیرها را اخلاق را بینشها را دیدند و الان عمق تاسف جایی است که این ۲۴ میلیون رای به دست من و شما به اسم چه کسانی رفت؟