علی دایی درسال های اخیر همانند امیر قلعه نویی یکی از منتقدان دولت احمدی نژاد بود که بدون نام بردن از مسئولان، با کنایه حرف هایش را مطرح کرده است.
وی زمانی که در راه آهن مربیگری می کرد و با رویانیان مشکل داشت در جمله ای کنایه آمیز گفت: «یک بنده خدایی تو را به این فوتبال آورد و زمانی که خودش برود، تو هم باید بروی!» که مشخصا منظورش احمدی نژاد بود.
دایی اما بعدها که به پرسپولیس پیوست با رویانیان همراه شد و گذشته ها را فراموش کرد و زمانی که اعلام شد دولت می خواهد رویانیان را برکنار کند باز هم علیه دولت موضع گیری و تاکید کرد: «آقایان بهتر است اجازه دهند دولت منتخب برای پرسپولیس تصمیم بگیرد.»
سرمربی پرسپولیس در مورد برکناری اش از تیم ملی نیز تلویحا پای دولت احمدی نژاد را وسط کشید و تاکید کرد یک مقام سیاسی بالاتر از رئیس سازمان تربیت بدنی دستور برکناری وی را صادر کرده است. (وی پس از شکست ایران برابر عربستان در ورزشگاه آزادی برکنار شد؛ دیداری که احمدی نژاد در ورزشگاه حضور داشت و در پایان مسابقه به شدت عصبانی بود.)
اخیرا دیدار نمادین بین تیم ملی 98 با تیم ملی فعلی برگزار شد که گفته می شد به نوعی بازی خداحافظی محمود احمدی نژاد محسوب می شود و قرار بود رئیس جمهور نیز به میدان برود اما برخلاف برنامه های اعلام شده به ورزشگاه نرفت.
علی دایی از حضور در این مسابقه خودداری کرد و برخی دلیل آن را احتمال حضور احمدی نژاد در این دیدار عنوان کردند. او کمی بعد حرف هایی زد که نشان می داد گمانه زنی ها در مورد علت غیبتش در دیدار نمادین درست بوده است: «دوست دارم در بازیهایی حضور داشته باشد که ورزشی باشد نه اینکه به سمت و سوی دیگر کشیده شده و سیاسی شود.»
اکنون که دوره احمدی نژاد به پایان رسیده و دولت جدید در راس کار است، باز هم دایی به متلک پرانی های خود ادامه می دهد. وی اخیرا در دعوای خود با مایلی کهن تاکید کرد که اکنون دولتی در راس کار است که همه به آن اعتماد دارند و دوره گدایی مربیگری در مصلی گذشته است.
وی همچنین در پاسخ به آنهایی که معتقدند به خاطر حمایت هایش از روحانی سرمربی پرسپولیس شد گفت: «من در زمان دکتر شما سرمربی پرسپولیس شدم!»